1 沙门氏菌的reads随着感染时间延长增加，表明细胞内病原体的复制过程。在沙门氏菌reads中，sRNA和anti-RNA约占8%，而人的非编码RNA约占0.1%（miRNA，约22bp）到15%（lncRNA，大于200bp）。差异表达蛋白与已报道的芯片分析结果一致。
2 在细菌内化后，与侵染相关的基因（SPI-1）表达减弱，而细菌内化后与存活相关基因（SPI-2）的表达增强。在被感染的宿主细胞中，NF-κB免疫相关的基因表达显著增加。
3 对分析细胞内沙门氏菌sRNA变化进行分析，获得了14个known和189个沙门氏菌candidate的sRNA，其中有些在感染后2h显著增加10倍以上。sRNA的表达变化为沙门氏菌在宿主细胞内的变化提供了见解，RyhB和IsrE在铁不足或MicA/L、RybB和OmrA/B在细菌表面压力情况下被激活，与之前的报道一致。此外，细菌内化后，SPI-1表达减弱和SPI-2增强是共表达调控sRNA（InvR和DapZ受抑制，而MgrR被激活）的表现。
4 感染后最活跃的sRNA，pinT在感染过程中增加了近100倍。同样，在dual RNA-seq实验的其他13个宿主细胞类型中，PinT的表达也显著上调。pinT是80bp长的sRNA，来源于一个编码RtsA的沙门氏菌特异位点，是一个入侵相关基因的助激活剂。经过多重验证，最终证实，在细菌内化过程中，pinT是一种正调控入侵的sRNA。